Zum Stadtgebiet von Werder (Havel) zählen neben der Kernstadt acht Ortsteile, die sich in Lage, Eigenarten und Größe unterscheiden. Seit 1929 zählt Petzow zu Werder. Alle anderen Ortsteile wurden zwischen 1998 bis 2003 eingemeindet. Der Ortsteil mit den meisten Einwohnern (rund 4.000, 15 %) ist Glindow, der als ehemaliger Ziegeleistandort und Obstanbaugebiet Bedeutung erlangte und mit der Lage am Glindowsee sowie den Glindower Alpen über besondere naturräumliche Qualitäten verfügt.
Ein touristisches und landschaftliches Kleinod ist auch der Ortsteil Töplitz, dessen Besonderheit sich durch die abgeschiedene Insellage begründet. Töplitz ist mit rund 2.000 Einwohnern (8 %) der zweitgrößte Ortsteil. Ausflugsziele mit gastronomischen Einrichtungen, Übernachtungsmöglichkeiten und weiteren Freizeitangeboten finden sich zudem in Kemnitz, Petzow und Phöben. Phöben zählt rund 760 Einwohner.
In den Ortsteilen Kemnitz (370 Einwohner) und Petzow (380 Einwohner) leben die wenigsten Einwohner. Die weiteren Ortsteile Bliesendorf (560 Einwohner), Derwitz (420 Einwohner) sowie Plötzin mit Neu Plötzin und Plessow (insgesamt 940 Einwohner) zählen zu den ländlich geprägten Dorflagen mit dem Schwerpunkt Wohnen. Eine Besonderheit in Plessow ist der dortige Sitz des Bildungszentrums der Bundesfinanzverwaltung.